Warto jednak pamiętać, że prowadzenie konta firmowego wiąże się zazwyczaj z kosztami. Banki mogą pobierać opłaty za prowadzenie rachunku, realizację przelewów krajowych i zagranicznych czy korzystanie z dodatkowych usług. Na szczęście wiele instytucji oferuje preferencyjne warunki dla nowych firm lub darmowe prowadzenie konta przez pierwszy rok działalności.